专业研究所实行预备制和动态管理，目前在先进材料、生物与医药、能源与环保、信息技术、先进制造等产业领域布局建设了40家专业研究所，并参与共建了国家超级计算无锡中心。专业研究所现有人员约6000人，其中院士、863、973项目首席专家等领军人物80多人，场所面积合计近80万平方米，设备总值约26亿元，年研发经费总额约20亿元。各专业研究所累计转移转化技术成果2600多项，累计衍生孵化科技型企业近490家，其中已上市和拟上市的衍生孵化企业18家。